南方医科大学2021在全国本科院校排名第111位，强于第112名的浙江理工大学，第113名的对外经济贸易大学，第114名的西南财经大学，第115名的广州大学，第116名的中国石油大学(北京)。在广东排第8名，强于第9名的广州大学，第10名的广东外语外贸大学，第11名的汕头大学，第12名的南方科技大学，第13名的广州中医药大学。
| 竞争力排名 | ||||
| 年份 | 全国本科排名 | 院校名称 | 省份 | 省内排名 |
| 2021 | 111 | 南方医科大学 | 广东 | 8 |
| 2020 | 113 | 南方医科大学 | 广东 | 8 |
| 2019 | 106 | 南方医科大学 | 广东 | 8 |
| 2018 | 96 | 南方医科大学 | 广东 | 6 |
| 2017 | 86 | 南方医科大学 | 广东 | 5 |
综合实力排名（校友会版）
在全国本科院校排名第95位，在广东排第6名。
| 校友会排名 | ||||
| 年份 | 全国本科排名 | 院校名称 | 省份 | 省内排名 |
| 2020 | 95 | 南方医科大学 | 广东 | 6 |
| 2019 | 120 | 南方医科大学 | 广东 | 8 |
| 2018 | 114 | 南方医科大学 | 广东 | 7 |
| 2017 | 117 | 南方医科大学 | 广东 | 7 |
综合实力排名（软科版）
在全国本科院校排名第77位，在广东排第5名。
| 软科排名 | ||||
| 年份 | 全国本科排名 | 院校名称 | 省份 | 省内排名 |
| 2018 | 77 | 南方医科大学 | 广东 | 5 |
| 2017 | 66 | 南方医科大学 | 广东 | 4 |
