云南中医药大学2021在全国本科院校排名第553位，强于第554名的新乡学院，第555名的陕西中医药大学，第556名的湖南第一师范学院，第557名的黄山学院，第558名的太原师范学院。在云南排第11名，强于第12名的昆明学院，第13名的曲靖师范学院，第14名的红河学院，第15名的玉溪师范学院，第16名的滇西科技师范学院。
| 竞争力排名 | ||||
| 年份 | 全国本科排名 | 院校名称 | 省份 | 省内排名 |
| 2021 | 553 | 云南中医药大学 | 云南 | 11 |
| 2020 | 576 | 云南中医药大学 | 云南 | 12 |
| 2019 | 548 | 云南中医药大学 | 云南 | 11 |
综合实力排名（校友会版）
在全国本科院校排名第410位，在云南排第14名。
| 校友会排名 | ||||
| 年份 | 全国本科排名 | 院校名称 | 省份 | 省内排名 |
| 2020 | 410 | 云南中医药大学 | 云南 | 14 |
| 2019 | 465 | 云南中医药大学 | 云南 | 9 |
| 2018 | 493 | 云南中医药大学 | 云南 | 10 |
综合实力排名（软科版）
在全国本科院校排名第337位，在云南排第7名。
| 软科排名 | ||||
| 年份 | 全国本科排名 | 院校名称 | 省份 | 省内排名 |
| 2018 | 337 | 云南中医药大学 | 云南 | 7 |
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